由于自花授粉坐果率为50%-85%，异花授粉坐果率为98%，异花授粉果实一般比自花授粉的大。其中白肉类型为自交亲和类型，越南种火龙果在正常条件下坐果率为100%。由于自交不亲和现象的存在，在种植火龙果时应选择红、白肉类型进行混栽。
白肉型火龙果始花的时间要比红肉型晚一个月，有条件的可以在花粉多时将花粉收集起来贮藏备用。可以把收集到的花粉密封起来，但一定要保持干燥，这样花粉活性才会高，然后放在冰箱0-5℃的条件下保存。
低温阴雨和大风大雨天气时，不仅使昆虫活动受阻，还会降低花粉活力。采用设施栽培能在一定程度上减轻灾害性天气的影响，提高火龙果的授粉率。如果开花期碰上雨天，可以用个袋子把花苞给罩起来，第二天早上授完粉再罩上，这样火龙果也能顺利结果的。